Resistenzen gegen Antibiotika können natürlich oder erworben sein. Viele Bakterien sind primär resistent gegen bestimmte Antibiotikaklassen, wie z.B. gramnegative Bakterien immer resistent gegen Vancomycin sind. Die meisten erworbenen Antibiotikaresistenzen sind genetisch bedingt und die Bakterien weisen Antibiotikaresistenzgene (Gene, die eine Widerstandsfähigkeit gegen Antibiotika vermitteln) auf. Resistenzgene können zwischen Bakterien ausgetauscht werden, so daß sich Resistenzen immer weiter verbreiten. Durch die anhaltende Präsenz von Antibiotika wird der Selektionsdruck erhöht und Antibiotika-resistente Mutanten können sich durch ihren Überlebensvorteil vermehren.