Autoantikörper sind Proteine, die spezifische körpereigene Antigene in Geweben oder Organen des Körpers erkennen und angreifen. Es sich daher um Antikörper, die vom eigenen Immunsystem aufgrund einer Fehlregulation gebildet werden und normale Bestandteile des Körpers statt fremden Substanzen und Mikroorganismen, die den Körper bedrohen, angreifen. Dabei unterschiedet man gegen ein spezielles Organ gerichtete Auto-Immunerkrankungen, wie z. B. autoimmune Schilddrüsenerkrankungen (Morbus Basedow und Hashimoto Thyreoiditis) von generalisierten Autoimmunerkrankungen, die sich gegen bestimmte Zellbestandteile richten. Bei der Bindung des Autoantikörpers an den jeweiligen körpereigenen Zelltyp kommt es zur Aktivierung weiterer Komponenten des Immunsystems, die zu Entzündungen und zum Funktionsverlust der Zellen oder der betroffenen Organe führen können.