Unter Aspiration versteht man das Einatmen, insbesondere das Inhalieren einer ungewollten Substanz oder eines Fremdkörpers in die Lunge. Typischerweise kommt es bei einer klinisch relevanten Aspiration zum Eindringen  flüssiger  oder  fester  Stoffe, wie z. B. Mageninhalt bei Erbrechen oder  Blut  in  die  Atemwege  während  der  Inspiration  infolge  fehlender  Schutzreflexe  bei  Bewusstlosen  oder  bei  Narkoseeinleitung  am  nicht  nüchternen  Patienten  oder  bei  Ileus. In der Folge kann es zur Verlegung  der  Atemwege,  mit Atemnot, Hypoxie sowie Aspirationspneumonie kommen.

Daneben kann der Begriff Aspiration auch die Verwendung von Unterdruck bezeichnen, der eingesetzt wird um Flüssigkeiten oder Gase aus Körperhöhlen oder anderen Arealen zu gewinnen. Ein typisches Beispiel ist die Aspirationsbiopsie.